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Machine Learning : SOPHiA, l’IA qui accélère la recherche sur le cancer

sophia genetics

IBM avec Watson n’est pas le seul à proposer une intelligence artificielle en direction de la médecine. Le groupe suisse Sophia Genetics a annoncé fin juillet un pendant de Watson. SOPHiA et est présentée comme l’IA « la plus avancée au monde pour la médecine des données génomiques ».

Chez objetconnecte.com, nous avons souvent évoqué la puissance du supercalculateur Watson conçu par le géant de l’informatique IBM. Son principal cas d’usage consiste à aider les oncologues dans les diagnostics de certains cancers et de trouver le traitement adéquat. L’entreprise Sophia Genetics, comme son nom l’indique oeuvre dans un domaine un peu différent. Le groupe suisse basé près de Lausanne récolte et analyse des données génomiques.

La génomique est une pratique de la biologie qui consiste à étudier le fonctionnement d’un organisme, d’un organe, mais aussi d’un cancer. Elle ne se concentre pas sur un seul gène, mais analyse l’ensemble du matériel génétique d’un individu.

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C’est-à-dire que les génomes peuvent varier selon l’environnement d’une personne. Du même coup, les populations sont soumises à ces mutations suivant de nombreux critères : localisation, éléments, température, pathogènes, etc. Des individus sont donc plus sensibles à certains cancers et d’autres sont moins exposés. Cela représente une quantité impressionnante d’informations.

Pour ce faire, l’entreprise suisse vient de mettre en place une intelligence artificielle nommée SOPHiA. Celle-ci est capable de distinguer les degrés de pathogénicité des variants génomiques. Les experts le font déjà, mais cela demande près de 10 mois de recherche, après une analyse assidue des données de nombreux patients. Ici le machine learning vient accélérer l’identification des maladies avec des résultats obtenus en moins d’une semaine.

Aussi savant qu’un spécialiste

sophia sciences

L’outil de Sophia Genetics est arrivé à une précision proche à 98 % de distinction de ces variants génomiques. SOPHiA a pioché dans une base de données énorme constituée par le réseau de l’entreprise comprenant 170 hôpitaux dans 28 pays. Les tests effectués pour mettre à l’épreuve cette technologie concernaient le cancer du sein.

Les résultats de l’étude s’appuient sur les profils génomiques de 30 000 patients présentant 28 000 variants génomiques uniques. Prochainement, ce sont plus de 80 000 patients qui alimenteront cette base en 2016. C’est loin d’être un frein pour l’intelligence artificielle. Elle s’adapte et intègre les données à ses recherches au fil et à mesure de leurs disponibilités.

SOPHiA devrait aider les chercheurs à en apprendre plus les pathologies, en facilitant le diagnostic d’une quarantaine de maladies génomiques : cancer, pédiatrie, cancers héréditaires, cardiologie, métabolisme, etc. A travers sa plateforme, l’entreprise cherche à mutualiser les efforts des spécialistes et des médecins. De même, en adoptant cette solution les coûts des centres diminuent. Mais Sophia Genetics oeuvre d’abord à la sécurisation des données. Pour cela, elle à déjà obtenu pour sa plateforme la norme ISO 27001. Les machines et les objets récoltant les informations possèdent également la norme ISO 13485. Elle veut aller encore plus loin dans le chiffrement pour renforcer son réseau.

 

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